Nästan två tredjedelar av invånarna i södra delen utövar inhemska traditionella religioner. Det antas att arabiska slavhandlare förde slavar till området redan under medeltiden, men det finns inga dokument om detta före talet. Konstitutionen erkänner alla religioner och säger att staten och religionen måste hållas åtskilda. I talet, när Sydsudan fortfarande var en del av Sudan, gjorde den centrala regeringen i norr flera försök att införa Islam i söder.
Resten av befolkningen är en blandning av muslimer och de som följer traditionella djurreligioner, varav den senare gruppen är större än den föregående. Även om animister delar några gemensamma drag i religiös tro, har varje etnisk grupp sin egen interna religion. Sydsudan var tidigare en del av Sudan. Historien är lite känd om Sydsudans historia, men olika grupper har bott i traditionella motorvägssamhällen under lång tid.
Ungefär hälften av befolkningen tillhör den katolska kyrkan, som startade sin verksamhet drygt en sjundedel av befolkningen tillhör den sudanesiska Episkopalkyrkan. Migrationen till följd av striderna i landet uppgick till 1,8 miljoner flyktingar och asylsökande från Sydsudan i grannländerna. Den första evangeliska kyrkan grundades för ett år sedan i Sydsudan.
Det finns också små grupper av baptister, Mormoner, presbyterianer, Jehovas vittnen, anglikaner och pingstvänner. Nästan alla de traditionella afrikanska religionerna i Sydsudan delar en syn på en hög ande eller gudomlighet, som vanligtvis är en kreativ Gud. Det finns två vyer av universum: det jordiska och det himmelska, eller det synliga och det osynliga.
Bergskedjan vid gränsen till Uganda har ett tropiskt klimat, täta skogsområden och rikt djurliv. De flesta av landets invånare är kristna eller har traditionella religioner med inslag av Andetro och tillbedjan. Historien för Sudan och Sydsudan har präglats av konflikt, fusion och lösning. Därifrån rinner vattnet som en del av den Vita Nilen in i Sudan. Planer på att sätta delar av Nilen i rör kan skapa drastiska miljöförändringar i träskområdet.
Olika kungariken styrde området, men Sydsudan var militärt och ekonomiskt svagare och dominerade den nomadiska kulturen. Den koptiska ortodoxa kyrkan var den första kyrkan som grundades i Sydsudan, med uppskattningsvis omkring tre tusen medlemmar. Den himmelska världen ses som en befolkning av andliga varelser vars funktion är att tjäna som en mellanhand eller Guds budbärare; när det gäller det nilotiska folket identifieras dessa andar med förfäderna.
Under de senaste åren har fantastisk djurmigration kartlagts av bland annat elefanter, giraffer och antiloper i Sydsudan, vilket bara är slaget vid de berömda naturreservaten Serengeti och Masai Mara i Tanzania och Kenya. Sederns motstånd mot islamisering var en drivkraft i inbördeskriget - kristendomen är resultatet av Europeiska missionärsinsatser som började under andra halvan av talet.